Seiring dengan penguatan wewenang BPK RI yang dituangkan dalama Amandemen Ketiga UUD 1945 dikembangkan menjadi satu bab tersendiri (Bab VIII A) dengan tiga pasal (23E, 23F, dan 23G) dan tujuh ayat, BPK RI harus mengembangkan kantor perwakilan di semua Provinsi di wilayah Republik Indonesia untuk dapat memenuhi amanat peraturan perundangan, kebutuhan dan tuntutan para pemilik kepentingan. Untuk itu, BPK RI mengambil langkah-langkah strategis guna meningkatkan kualitas pemeriksaannya.
Sebagai wujud pengembangan BPK RI telah menetapkan bahwa Perwakilan III BPK RI di Yogyakarta yang memiliki lingkup pemeriksaan wilayah Propinsi Jawa Tengah, DIY, Jawa Timur, Bali, NTB dan NTT dirasakan terlalu luas. Sehingga perlu dilakukan penyesuaian-penyesuaian, antara lain dengan ditetapkannya Surat Keputusan BPK RI Nomor 18/SK/I-VIII.3/6/2002, tanggal 7 Juni 2002 tentang pembentukan perwakilan IV BPK RI di Denpasar. Wilayah pemeriksaan Perwakilan IV BPK RI di Denpasar mencakup Propinsi Bali, NTT, NTB, Maluku dan Papua. Kepala Perwakilan pertama di Perwakilan IV BPK RI di Denpasar adalah Drs. Supriyanto.
Tahun 2004 sesuai dengan SK No 12/SK/I-VIII.3/7/2004 tentang organisasi dan tata pelaksanaan Badan Pemeriksa Keuangan organisasi pelaksana BPK-RI, yang antara lain menyebutkan bahwa Perwakilan IV BPK RI di Denpasar berubah menjadi Perwakilan V BPK RI di Denpasar dan mencakup wilayah pemeriksaan Propinsi Bali, Propinsi NTT, dan Propinsi NTB. Kemudian, BPK RI menerbitkan SK BPK-RI Nomor 06/SK/I-VIII.3//2005 tanggal 2 Mei 2005 tentang perubahan atas SK BPK-RI Nomor 12/SK/I-VIII.3/7/2004 yang antara lain menambah Perwakilan menjadi 14 Perwakilan, namun demikian Perwakilan V BPK RI Denpasar masih tetap memiliki wilayah dan nama yang sama.
Kemudian Perwakilan V BPK Denpasar mengalami perubahan lingkup pemeriksaan. Hal ini sesuai dengan Keputusan Ketua Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Nomor. 39/K/I-VIII.3/7/2007 tanggal 13 Juli 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, Perwakilan BPK RI di Denpasar mempunyai tugas memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan daerah pada Pemerintah Provinsi Bali, Kota/Kabupaten di Provinsi Bali serta BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas tersebut diatas, termasuk melaksanakan pemeriksaan yang dilimpahkan oleh AKN.
Sesuai dengan Keputusan Ketua Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Nomor 01/K/I-XIII.2/1/2009 tentang Nama Perwakilan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, Perwakilan V BPK Denpasar mengalami perubahan nama menjadi BPK RI Perwakilan Provinsi Bali di Denpasar.